Jun. Prof. Dr. Alexey Gurevich
Über
Alexey Gurevich studierte Softwaretechnik an der Staatlichen Polytechnischen Universität St. Petersburg (BSc 2010, summa cum laude) und der Akademischen Universität St. Petersburg der Russischen Akademie der Wissenschaften (MSc 2012, summa cum laude). Im Jahr 2011 begann er in der Gruppe von Prof. Pavel Pevzner an der Akademischen Universität, sich auf die Fragestellungen der Algorithmischen Bioinformatik zu konzentrieren. Die Gruppe zog später an die Staatliche Universität St. Petersburg um, an der Alexey 2018 in Bioinformatik promovierte. Er arbeitete bis 2022 an der Universität St. Petersburg mit kurzen Forschungsaufenthalten an der University of California San Diego (2015 und 2016) und an der Universität Tübingen (2019, DAAD-Stipendium). Im Juli 2022 wechselte Alexey als Juniorprofessor ans HIPS und leitet dort die Gruppe Human-Microbe Systems Bioinformatics.
Alexey's Forschung konzentriert sich auf die Entwicklung effizienter Algorithmen und Software für den Umgang mit Omics-Daten. Er trug maßgeblich zur Entwicklung der hochmodernen Genomassemblierungs- und -analysetools SPAdes und QUAST sowie mehrerer in silico Methoden zur Entdeckung von Naturstoffen bei. Diese Arbeiten werden von der Forschungscommunity weithin genutzt und zitiert, weshalb Alexey Gurevich auch in die Web of Science-Liste der am häufigsten zitierten Forscher 2023 aufgenommen wurde.
2024
MIBiG 4.0: advancing biosynthetic gene cluster curation through global collaboration
Zdouc M, Blin K, Louwen N, Navarro J, Loureiro C, Bader C, Bailey C, Barra L, Booth T, Bozhüyük K, …, Weber T, Medema M (2024)
Nucleic Acids Res. Spec. Publ.DOI: 10.1093/nar/gkae1115
Decoding the diagnostic and therapeutic potential of microbiota using pan-body pan-disease microbiomics
Schmartz G, Rehner J, Gund M, Keller V, Molano L, Rupf S, Hannig M, Berger T, Flockerzi E, Seitz B, …, Bals R, Keller A (2024)
Nat Commun 15 (1)DOI: 10.1038/s41467-024-52598-7
2023
ABC-HuMi: the Atlas of Biosynthetic Gene Clusters in the Human Microbiome
Hirsch P, Tagirdzhanov A, Kushnareva A, Olkhovskii I, Graf S, Schmartz G, Hegemann J, Bozhüyük K, Rolf M, Keller A, Gurevich A (2023)
BookDOI: 10.1101/2023.09.18.558305
HypoRiPPAtlas as an Atlas of hypothetical natural products for mass spectrometry database search
Lee Y, Guler M, Chigumba D, Wang S, Mittal N, Miller C, Krummenacher B, Liu H, Cao L, Kannan A, …, Kersten R, Mohimani H (2023)
Nat Commun 14 (1)DOI: 10.1038/s41467-023-39905-4
ABC-HuMi: the Atlas of Biosynthetic Gene Clusters in the Human Microbiome
Hirsch P, Tagirdzhanov A, Kushnareva A, Olkhovskii I, Graf S, Schmartz G, Hegemann J, Bozhüyük K, Müller R, Keller A, Gurevich A (2023)
Nucleic Acids ResDOI: 10.1093/nar/gkad1086
WebQUAST: online evaluation of genome assemblies
Mikheenko A, Saveliev V, Hirsch P, Gurevich A (2023)
Nucleic Acids Res 51 (W1): 601-DOI: 10.1093/nar/gkad406
2022
NPOmix: A machine learning classifier to connect mass spectrometry fragmentation data to biosynthetic gene clusters
Leão T, Wang M, Da Silva R, Gurevich A, Bauermeister A, Gomes P, Brejnrod A, Glukhov E, Aron A, Louwen J, …, Bandeira N, Dorrestein P (2022)
PNAS nexus 1 (5)DOI: 10.1093/pnasnexus/pgac257
NPvis: An Interactive Visualizer of Peptidic Natural Product-MS/MS Matches
Kunyavskaya O, Mikheenko A, Gurevich A (2022)
Metabolites 12 (8)DOI: 10.3390/metabo12080706